APE: Monkey's Audio. Все подробности здесь:
http://www.monkeysaudio.com/FLAC: Free Lossless Audio Compressor. Все подробности здесь:
http://flac.sourceforge.net/CUE: CUE sheet. Все подробности здесь:
http://ru.wikipedia.org/wiki/Cue_sheet
Update: на страницах разработчиков (первые две ссылки) есть все необходимые утилиты и плагины. От себя посоветую перекодировать впоследствии APE во FLAC, т. к. алгоритмы распаковки последнего обладают существенно меньшей вычислительной сложностью, и при декодировании (=> воспроизведении) FLAC
гораздо менее процессорозависим, чем APE. APE, правда, сжимает лучше, но разница ничтожно мала. К тому же, оригинальная утилита для этого формата, по моему, довольно неудобна.
С точки зрения лицензии оба формата прекрасны: у FLAC - GPL, у APE - не знаю, но исходный код тоже открытый. Спрашивается, на кой чёрт при этом нужны проприетарные lossless-форматы от Apple и т. п? Только для iPod + iTunes, чтоб им пусто было!