У меня такой проблемы не возникало, даже после 24хчасовой игры в Старкрафт...
Но...
Во-первых - эргономика, как уже было сказано выше. У меня хоть подушки нет для мыши, зато рука от локтя лежит на столе. Враг - не мышь, враг - выдвигающаяся подставка для клавы/мыши у компьютерного стола. Запястья согнуты - от того и болят.
Во-вторых - от многочасовых занятий переменным штрихом те самые мышцы, что двигают мышу накачались сильно. Занимайтесь гитарой больше.
В третьих - от занятий бадминтоном правое предплечье накачалось так, что я в любой момент могу взять железный прут и расхреначить что угодно, или тремоло от гитары оторвать.