Да, в этом "прелесть" огромных винтов.
Дефрагментацию можно и не делать - на современных скоростных винтах выигрыш в скорости работы с диском не так заметен, как при работе на Intel 486 лет 10-15 назад например
Учитывая риски, может быть даже вредно делать чаще раза в год - и то при активном пользовании диском.
Работа частями - давно придумана, это разбивка одного физического диска на разделы - логические диски.
На диске в начале HDD - система. Раздел можно сделать 100-200 Гб, он будет часто меняться (обновление системы, установка программ, прочие операции) - и там можно делать дефрагментацию с опцией переноса системных файлов в начало диска и с жесткой фиксацией места под кэш-файл системы (по-моему было такое в нормальных дефрагах, в линухе для этого вообще свой раздел)
То что меняется реже - фильмы, музыка, архив фоток - остальной диск, почти не нужна дефрагментация.
Работа с аудио-проектами - лучше вообще небольшой, но отдельный
физический диск, если заниматься профессионально - то с организацией бэкапа или в "зеркале"