Сделать две входные моно-шины (Add Bus) в Devices\VST Connections\Inputs, выбрать для них разные физические входы карточки. Создать пару аудио-треков в окне проекта, для первого из них указать в параметре In одну входную шину, для второго - другую. Нажать кнопку записи на обоих треках, нажать кнопку записи на транспорт панели. Запись пошла с двух микрофонов в 2 дороги независимо.