а БП?
... и добавил:
могу предположить что когда работает USB что-то происходит с питанием на мамке, оно ж там мультифазовое, может перключается и идет дополнительный ток, или напруга идет такая какая должна по стандарту для PCI и оно как-т связано с USB (фик его знает как мамку проектировали)
попробовал бы её в другой комп временно, есть у тебя друзья по близости что готовы провести эксперимент с картой?