48к с одной стороны несколько лучше, т.к. те же антиальязинговые фильтры окажутся гарантировано за областью слышимости (за 22к), с другой стороны это значит ресэмплинг для всего что связано с сэмплингом, т.к. библиотеки сэмплов в 44к обычно. При ресэмплинге на лету обычно придётся жертовать качеством ресэмплинга, чтобы он не кушал большую часть вычислительных ресурсов проца. 48к имеет сильный смысл если используешь по цифре с устройствами которые ничего другого не поддерживают, тот же акс эфикс, торпеды или лайнсакс (они на 48к работают), если по аналогу, то пофиг.
Надо понимать что 48к (для простоты) это те же 96к где срезано всё выше 24 кГц и выкинут каждый второй сэмпл после этого. Изначальная оцифровка до децимации в конечный формат идёт на мегагерцах, потом обрезается антиальязинговым фильтром до нужной частоты (половины от частоты сэмплирования) и выкидываются лишние сэмплы. При восстановлении аналогового сигнала процесс обратный, разница, по большей части, в фильтрации частот. Хотя у больших частот (типа 96к) если польза что вся обработка будет как бы с оверсэмплингом, меньше мусора в слышимой области.