D/F# - 4ю и 5ю глушить не надо, они (ля и ре) нисколько не меняют аккорд. А если все же непременно хочешь глушить, то мизинцем.
D/C# - елементарно глушится мизинцем, или безымянным если берешь баре на 2м ладу.
D/B - указательным. 4й-5й-3й пальцы на первых 3х струнах.
Я тоже бас в D/F# беру большим пальцем. Есть множество аккордов, которые только так и можно сыграть. И еще хорошо большим пальцем хорошо глушить 6ю струну, когда играешь боем пятиструнные аккорды.