По флажолетам допустимо только настраивать 1 и 6 струну, т.е. флажолет на 5 ладу 6 струны в унисон с 1 открытой. Т.к. октава - чистый интервал.
Строй современной гитары - равномерно-темперированный.
Допустимая схема 1 с 6 (5 лад) в унисон.
Затем 2 (7)по 1(5)
А вот потом уж извольте от 6 до 3 по 5-7 ладам. А не строить 3 по 2!
Это все равно дает погрешность в пару центов.
А вообще настраивайте, как хотите.
Октавы тоже могут быть растянутыми, что практикуется при настройке фортепиано.