1. Правильно ли я понимаю, что если мы говорим про интервалы от примы до октавы, то играться они должны в пределах одной из октав, а не в нескольких сразу, потому что если играть в нескольких октавах, то интервалы уже будут составными?
Может я не совсем понял вашу мысль, но мне представляется, что вы путаете "октаву", как интервал в 12 полутонов, и "октавы" как деление на регистры звуков музыкальной системы, где за точку отсчета взята нота До.
Поэтому вы можете построить октаву от любого звука. Например от Си1 до Си2 (это октава, звуки, которой расположились в соседних регистрах/октавах). Все интервалы, которые будут строиться вверх от Си1 в пределах до Си2 будут простыми. Например, Си1 и Ре2 - малая терция (м.3). Звуки, которые будут выше Си2 будут образовывать составные интервалы. Например, Си1 и Ре 3 - малая децима (м.10) (т.е. терция через октаву = ч.8+м.3).
Или же мы всегда можем построить все интервалы от каждого звука в одной октаве и я просто не могу найти нужную аппликатуру?
Всегда (если эти звуки есть на инструменте).
3. Получается в малой октаве мы не сможем построить все интервалы прима-октава, потопу что в принципе у нас она не вся представлена на гитаре?
В диапазоне малой октавы (точнее большой октавы - об этом дальше) не все интервалы есть. Но от открытой Ми вы можете построить все интервалы в диапазоне октавы и даже больше

И еще надо сразу понимать, что гитара - транспонирующий инструмент и реально звук До первой октавы находится на первом ладу 2й струны. Но на нотном стане это выглядит, как До второй октавы, так как скрипичный ключ для гитары особый - с восьмеркой внизу, которую часто не пишут.
Таким образом ваша 1я табличка ошибочная - где вы ее взяли?