...брать за правило, что в Х13 аккорде 9 и 11 пропускаются, но зато 3 берётся любой ценой - полная ерунда.
Не-не-не, не ерунда. У Молоткова это можно прочитать.
Это логично. Аккорд с цифрой 13 — это семизвучие, струн по-любому не хватит, чтобы взять полностью.
1) Основной тон важен, т.к. от него всё строится (пропускаем основной тон — сразу же получаем другой аккорд). Но основной тон может сыграть басист.
2) Терция важна, т.к. определяет мажор это или минор.
3) Квинта не важна (но только если она чистая), т.к. это ближайший обертон основного тона.
4) Септима важна, т.к. определяет класс аккорда (в джазе музыка строится по септаккордам, т.е. это базовый элемент). Малый мажорный и большой мажорный септаккорды звучат принципиально по-разному.
5) Всё остальное важно только как дополнительное украшение. Брать надо альтерированые тона (в т.ч. квинту), т.к. ради них аккорд как бы и "задуман", и последнюю надстройку, т.к. она "максимальная", т.е. ради неё аккорд тоже как бы и "задуман".
Как пример, Cmaj13 — это До-Ре-Ми-Фа-Соль-Ля-Си

т.е. вся гамма полностью. Брать его целиком нет смысла.
До-Ми-Си-Ля достаточно. При этом До может взять басист. А септимы и дальше (ноны и т.д.) надо брать повыше, на дискантах, чтобы было поменьше грязи. Вот так я это в целом понимаю. И избегать малых нон, потому что они страшные (в данном случае не стоит брать Си-До так, чтобы До была выше чем Си на нону), только если аккорд не b9, т.е. это "специально".