Вот и хочется знать как это у всех и как перейти к нотной форме мышления.
Что-то у тебя неправильно происходит - нужно видеть ноты на грифе и неважно что ты играешь - ноты всегда в одном месте на грифе. Так что учи ноты на грифе.
Кстати, так же как на фортепьяно - ноты все на ладони, но ведь их виденье не зависит от того, что играешь.
Другое дело, что для музыки важнее ступени и надо еще выучить, где какая ступень в любой аппликатурной форме аккорда, арпеджио, пентатоники, гамм-ладов.
И надо ли по отношениию конкретно к пентатонике.
Если ноты нужны, то конечно по отношению ко всему, как бы они первичнее, чем организация их в систему - гамму или пентатонику.
Другое дело, что при импровизации (если музыкант не абсолютник) ноты не так важны - только как отправные точки, для ориентирования на грифе и увязки с ладотональностью (на самом деле они очень даже нужны на "низком уровне" для уверенной игры и разного рода интеллектуального манипулирования звуками). При импровизации музыкант с ОС в основном мыслит звуками - питчами, мотивами, интервалами, точками, конструкциями, шейпами (образное мышление более быстрое, чем мышление словами). В этот момент ноты как бы на заднем плане - в принципе их может и не быть - масса музыкантов, которые либо не знают нот, либо знают их "медленно".