Кто-то позже, возможно, даст более научный ответ, а пока - мои, основанные на практике мысли.
Для начала надо уточнить, что это за гармония,записанная трезвучиями, какой стиль, почему она записана трезвучиями, и самое главное - что случится, если их заменить септаккордами.
1) в большинстве случаев (например, запись трезвучиями дана для упрощения, произведение представляет собой болванку, требующую доаранжировки и т.п.) замена на септаккорд вполне уместна, естественна и благозвучна. В этих случаях никакой разницы нет, т.е. обыгрываем, как если бы были написаны септаккорды
2) иногда замена на септаккорд дает резкую, выпадающую из стиля краску, изменяет общий смысл - т.е явно неуместна. (Это, например, народные песни, некоторые классические стили и др.) В этом случае использование септимы (как, впрочем, и остальных ступеней лада
) при обыгрывании, сочинении вариаций тоже допустимо, но не в качестве опорных, сильных, а в качестве проходящих, слабых.
Кстати, в случае 1 у исполнителя есть дополнительная свобода - сыграть, например, большой или малый септаккорд, да и вообще, использовать для обыгрывания тот или иной лад. Разумеется, надо следить за тем что происходит в остальных партиях, чтобы не играть, к примеру, малую септиму или нону, когда вокалист поет большую. Иными словами, стараться вычислить лад из контекста произведения.
PS В общем, хороший рецепт (конечно, подходящий не для всех людей и не для всех ситуаций) - доверять ушам, руководствоваться вкусом и чувством стиля.