Смотря что Вы понимаете под словами "теория музыки"
Теория - это совокупность идей, принципов работы, правил построения некой системы. В идеале теория музыки одна, поскольку мы вопринимаем западную музыку одинаково с самими европейцами, американцами (или почти одинаково). Но в реальности подход к её изучению разный. Поэтому, ответ на Ваш вопрос "ДА, отличается". Особенно это касается джаза и рок-музыки, просто потому что у нас еще толком не сформировалась "эстрадно-джазовая школа". Увы, но у нас царит господство
шоу-бизнеса а не музыки. А джаз и рок держится на энтузиастах (особенно это касается теоретиков, а не самих музыкантов).
В академической музыке все более-менее сглажено, и каких-то радикальных отличий нет. Как-никак, а музыка эта намного "старше". Тем не менее, небольшие отличия и наработки все же есть. Например, в США довольно распространен анализ музыки по методу Хайнриха Шенкера. Несмотря на его противоречивость и незаконченность, в отдельных случаях он помогает быстрее понять анализируемое произведение.