Я не уверен, что скайп может брать сигнал с линейного входа. Можно попробовать включиться в микрофонный, но аккуратно, чтобы не спалить его. Хотя, включаться в микрофонный вход - моветон.
А в идеале нужно включаться в комп через какую-нибудь педаль, а не напрямую.