Должно все работать при правильной сборке, видать неправильно собрал. Замена транзистора не может быть причиной отсутствия эффекта - у меня в такой же педальке вместо 5087 кт3107 стоит и все нормально работает. Проверь транзисторы, может прошило, когда паял, может 3007 дохлая.
Как настраивал педаль? Какое напряжение питания? При 12 вольтах режимы другие, если под 9 вольт настроена, то на 12 работать правильно не будет.
В схеме, кстати, косяк есть - вход надо притянуть к земле резистором 1Мом, а если делать версию с одной ручкой, то не как в ПДФ нарисовано, а просто вместо второго потенциометра впаять делитель с плечами по вкусу и по-другому подключить переключатель Depth, иначе ручка Rate будет работать немного странно.