Можно поподробнее?? 
можно. первое - как закоронены лады - если они сношены то точка касания едет к бриджу, гитара начинает высить. чем дальше к бриджу тем заметнее.
второе - магнитное поле. если датчики близко к струнам, они захватывают магнитным полем и дают искажение. заметно например на 12м ладу - открытая струна- нота на 12м.
манера игры - многие передавливают струны при игре, ноты выше чем надо. причем не все а как пришлось)
очень высоко стоящие струны - притягивая струну к ладу завышаем строй.
манера настройки - многие музыканты настраивают гитару вначале точно ( по тюнеру/флажкам), а потом немного меняют настройку, чтобы позиции/интервалы/аккорды начали звучать естественней.
обработка порога. правильные калиберные пропилы под правильными углами, хороший материал порога, манера наматывать струны на колки, наличие/конструкция ритейнера. - это все фичи которые не моментально , но при игре влияют на то будет гитара строить и держать строй.
и вообще много чего еще, я тебя грузить не буду....