"С другой стороны, звуки имеют физическую природу, правильно? Значит, должна быть какая-то логика".
Я и сам так чувствую.
Нельзя забывать, что правила идут вслед за музыкой а не наоборот, т.е. в начале Моцарт Гайдн Бетховен пишут музыку, а потом другие (или они сами) ее анализируют и составляют правила классической сонатной формы.
Главное то, что мы слышим. Можно хоть по уши обложиться теорией, а звуки они и есть звуки, такие какими ты их слышишь. И потом воздействие и восприятие музыки на психологическом и даже физическом уровне до сих пор не имеет внятного научного объяснения (насколько мне известно). Если в поэзии, живописи и т.д. можно хотя бы частично (но не полностью) установить конкретные принципы воздействия (т.е. смысловое значение слов, зрительный образ и т.д.), то музыка остается самым абстрактным искусством.
А логика есть, но ведь это не математика.
Потому что есть история и традиция и разные музыкальные культуры и определнные связанные с ними слуховые ассоциации, и личные ассоциации и т.д..
Поэтому в гармоническом миноре вообще не будут брать тонический септаккорд, а возьмут трезвучие, когда гармонический минор вошел в употребление (он по сей день вообщем выполняет ту же функцию) никто не шлепал везде септаккорды в таком колличестве как сейчас, тем более тонические, в любом ладу, максимум доминантсептаккорд и то не всегда так было.
Но если исходить из чистых расчетов, то там должен быть большой минорный септаккорд.