Гендель поставил при ключе знаки соль минора, и у него там была в точности такая же последовательность, что в первом примере (только там периодически разные обращения), только в соль миноре. Это всё обыгрывалось соль минорной гаммой, в которой переодически появлялся фа диез в характерном гармоническом звучании, наряду с обычным фа, что говорит о смеси гармонического минора с обычным. Аккорды Gm Cm F Bb Eb Am7b5 D7.
Про пассакалию я вам ответил - какой смысл продолжать?
Вас интересует, как основную тональность определить? Конечно, там Соль минор.
И там оставалась бы тональтность Соль минор, даже, если бы там были отклонения в другие тональности. И что?
Данная тема касается золотой секвенции. Золотая секвенция может мыслиться и в мажоре и в миноре - поэтому и сабжевый аккорд можно трактовать по разному.
Непонятно, почему вы, называя эту последовательность секвенцией видите ее строго в миноре. Ведь в секвенции функции колеблятся вместе со звеном секвенции - на то она и секвенция.
В случае переменности знаки и основная тональность сохраняется. Именно поэтому это не называют модуляцией.
Тут необходимы пояснения, потому что даже в изолированном виде эта секвенция сохраняет изначальную тональность и аккорды там тональные.
Простейший пример - вот та последовательность, где 5 мажорных фраз.
Если там рассматривать Am-F-C-G - то это по восприятию минор, как вы верно отметили.
А если C-G-Am-F - то мажор.
Как удобнее записать такой абстрагированный от контекста оборот? Очевидно, что удобнее vi-IV-I-V.
При том I - это не тоника, а отправная точка шкалы.
Например, золотая секвенция может начинаться со 2 ступени (джазовый стандарт "Autumn Leaves"):
||:Dm7|G7|Cmaj7|Fmaj7 |Bø | E7 | Am| A7|
(C) ii V I IV viiø III7 i VI7
(C) ii V I IV=bVI (a) iiø V i (d) V
Первая часть периода принято мыслить в мажоре Sii-D-T, а вторую - в миноре sii-d-t
Построить секвенцию от Am, взять абсолютно все аккорды из тональности Am, включая Bdim, и назвать это переменным мажором - моя логика не позволяет это понять.

Вот такая это штука - ладовая переменность. Некоторые ее вообще в расчет не берут, как и понятие "лад", так что не заморачивайтесь.
Во многих блатняках, а они, как известно науке, всегда в ля миноре (смайл)встречается отклонение в параллельный мажор. При том начинается в ля миноре, аккорды ля минора и тд. Но есть там такой момент недолгого "просветления", когда гармония проходится по До мажору.
http://amdm.ru/akkordi/akvariym/13634/gorod_zolotoy/http://amdm.ru/akkordi/aleksandr_rozenbaym/93636/gop_stop/А бывает наоборот - все в мажоре, а потом немного в параллельном миноре.
http://amdm.ru/akkordi/beatles/2120/let_it_be/моя логика не позволяет это понять.
Короче, тут нужно изучить следующине темы - тоникальность трезвучий, , верхняя медианта в миноре, ладовая переменность, параллельно-переменный лад, диатонические секвенции, параллельный мажоро-минор.