efiki,
Снять можно в плане эксперимента, но тут где-то предпочтительнее деконволюция без осреднения, как делает тот же Voxengo Deconvolver. С другой стороны большинство импульсов для гитарного применения всё равно должны быть с минимальной фазой, так что в итоге всё может уравняться.
В-принципе, MatcherCL можно в командной строке задать размер блока анализа побольше, будет ближе к деконвольверу, попутно не забыв задать длину получаемого импульса побольше дефолтной.