Надо полагать сорс с таргетом довольно прилично не совпадают? Пытаешься применять целиком для микса?
Возможно в данном случае у CurveEQ его сглаживание срабатывает положительным образом (фактически 60 точек), в то время как у MatcherCL гораздо больше (несколько десятков тысяч), так что если пики и провалы окажутся в неудачных местах, то матчер это вытащит, с соответствующим результатом.
Если можно, подгоняемые фрагменты хотелось бы поизучать самому, чтобы сказать точнее (скинь в личку).