(участнику форума
рулону: лучше не читай дальше, все равно ничего не поймешь).
лично я вижу решение простым- как у трубачей: Пишем в до, играем в си-бемоль. 
И на гитаре пользоваться примерно этим принципом.
Тоже даже не воспринимаю это как исключительную проблему.
Именно так.
То есть при понижении всего стандартного строя ноты на грифе называются (пишутся) как в стандартном строе с указанием, что строй понижен.
При изменении высоты одной струны (то есть дроп-строй), ноты на этой струне называются в соответствии с перестройкой, то есть иначе, чем в стандартном.
Вопрос - что делать при пониженном стандартном строе, одновременно с дополнительным понижением одной струны?
Нужно ли вообще
читать с листа в таких строях?
(надеюсь, хоть и неуверен, все здесь понимают, что значит "читать с листа"? Думаю здесь мало кто читает с листа на гитаре в стандартном строе, хорошо, если разбирают по слогам.))
В сильно измененных строях подход к чтению зависит от практики и распространенности строя. Если, например, это довольно распространенный DADGAD, то он наполовину "слепой", но ноты легко высчитываются и со временем запоминаются.
Однако поначалу ноты "исчезают" на новых строях и большую роль играют ступени, аппликатуры, отдельные формы и, главное, слух.
В модальных строях основанных на определенных ладах и звучании аккорда в открытых струнах большую роль играют ступени, а ноты, соответственно, вытекают из модальности - лада.
Люди использующие модальные строи обычно очень часто меняют строй - в каждой вещи может быть новый (а есть такие, которые меняют строй в процессе исполнения). Разумеется в таких случаях основной формой записи произведений становятся таб(у)латуры.
Думаю, в постоянно меняющихся строях читать с листа ноты сможет только компьютер. Но здесь уже переход к теме "ноты vs табы".