Вроде бы натуральный строй и сейчас используется по факту, например, в хоровом пении (так как все интервалы строятся на слух).
Утверждается, что аккорды до двух знаков при ключе в натуральном строе звучат более консонансно и широко. Остальные, конечно, фальшиво. Но если менять настройку в соответствии с тональностью - возможно, получится новое, более высокое качество музыки? Аудиофилы ищут разницу в типах проводов и использованных компонентов звуковоспроизводящего тракта, музыканты ищут наиболее тембрально богатые инструменты... А тут такая возможность фундаментально улучшить звучание.
Я чисто с технического аспекта сужу, с теорией музыки едва знаком, фрагментарно. Образования не имею.