Music Insane, Дичайше пардонирую, если что. А не пробовал после настройки по тюнеру сделать окончательную корректировку строя самостоятельно? Коммерс кинул ссылку на отличную статью. Я не надеюсь только на тюнер, всегда после него подгоняю общий строй гитары уже на слух интервалами на перегрузе. Когда идет нестроевич, слышно биения в звуке на квартах, на квинтах и прочих интервалах. Я обычно сначала проверяю звучание интервалов на открытых струнах ( первая+вторая, вторая+третья и т.д.), потом уже пробегаюсь по всему грифу и проверяю, как звучат интервалы и унисонные ноты на разных струнах (например: первая открытая МИ со второй на 5 ладу, с третьей на 9-ом и т.д.). При нормально отстроенной мензуре проблем не возникает. Все звучит по всему грифу, как надо.
Еще может быть проблема в самих струнах. Может мензура была отстроена под старый комплект струн (с которыми гитара висела в магазине), а при установке новых её не подстроили (хотя маловероятно, если мастер толковый. Не думаю, что он допустил такую оплошность). Ну или сами струны косячные. Ведь со старыми то все строило.
... и добавил:Тьфу блин!

сначала написал, а потом прочитал статью. Там, оказывается, все то же написано, что и я посоветовал

может я её когда-то читал и забыл про это, хотя сам способ взял на вооружение.