Иван Смирнов, первая часть вопроса не совсем понятна: в до мажоре никак не запутаешься в диезах/бемолях, их там нет. Ну и если подразумевается, что мы выучили гамму, значит, понимаем, какие ноты в неё входят. А вот само расположение этих нот можно учить от опорных - сначала построить на грифе или участке грифа "скелет" из тоник, потом добавить 3 и 5 - и вот у нас уже есть "скелет" тонического трезвучия. Потом добавить 7 ступень, это будет септаккорд, потом остальные ноты.
Ну это лишь один из способов выучить гамму.
По поводу тональностей: имхо, сначала стоит выучить распространенные "гитарные" тональности - те, которые чаще других встречаются. До мажор/Ля минор, Соль мажор/Ми минор, Ля мажор и т.д.
На гитаре чаще всего очень просто играть гамму в другой тональности - достаточно сдвинуть все ноты на определенное количество ладов влево или вправо)