В моем понимании, когда ты мыслишь аппликатурой, не видишь связи между ступенями, у тебя просто "сетка", и на ней тоника отмечена. Когда же ты играешь от ступеней, у тебя каждая ступень имеет свой характер, и ты знаешь, что понизив шестую получается такой оттенок и он вот этим отличается от повышеной.
Не согласен, возможно дело в опыте использования того или иного способа. Например, в первой позиции аппликатуры ля минора и пентатоники ля я прекрасно помню, где тоника, 3 и 4-ая и 5-ая ступени, а так же, где именно появляются две ноты, переводящие пентатонику в гамму. В остальных позициях где-то лучше, где-то хуже. Чтобы запомнилось надо достаточно долго играть. При переходе в ми фригийский в принципе, при ежедневной игре, точно так же всё запомнится. Например, играя ля минором и мысля ми фригийским, я сразу же вспоминаю и вижу ноту фа, которая "та самая, переводящая с пентатоники в гамму", и осмысляю её.
Но наверное, выбор способа зависит от стиля музыки и стиля импровизации. Если это музыка с постоянной сменой ладов или возможностью их постоянно менять, тогда действительно удобнее мыслить повышением/понижением. Если музыка подразумевает один-два лада на всю песню, которые стабильно в определённых отрезках звучат, логичнее мыслить уже выученными аппликатурами, используя параллельные гаммы минора/мажора.
Но конечно, люди которые обыгрывают каждый аккорд, при этом осмысляя все ноты и подстраиваясь под аккорд не на слух, а по теории (ещё и используя под каждый аккорд новую гамму), это отдельная тема, я лично предпочитаю этим не заниматься ибо это как-то загоняет сильно в рамки. Раньше пробовал, оно вроде и красиво, но со временем становится слишком однообразно и постоянно чувствую себя загнанным. Мне больше нравится взять определённый лад или их комбинацию и гонять на протяжении всего трека, создавая мелодии на слух, и на слух ища места, где хочется сменить лад (мне понравилось совмещать натуральный минор и пентатонику). Но кому как.